Fimea tuottaa ja kokoaa lääkkeiden hoidollisen ja taloudellisen arvon arviointeja ja koordinoi tätä koskevaa yhteistyötä. Arvioinneissa tiivistetään ja arvioidaan tutkimusnäyttöä lääkehoidon hyödyistä, haitoista, kustannuksista ja kustannusvaikuttavuudesta muihin hoitovaihtoehtoihin verrattuna. Tutkimusnäytön kokoamisessa ja arvioinnissa hyödynnetään terveysteknologian arvioinnin lähestymistapoja (HTA, health technology assessment). Toiminnan pääasiallinen tarkoitus on informoida päätöksentekoa.

Toiminnan painopiste on uusien sairaalalääkkeiden arvioinnissa.  Lisäksi Fimea voi tuottaa erilaisia arviointeja ja arviointikoosteita arvioinnin aiheesta ja käyttötarkoituksesta riippuen. Arvioitavilla lääkkeillä on oltava Fimean tai Euroopan komission myöntämä myyntilupa.  

Lääkehoitojen arvioinnissa Fimea tekee yhteistyötä Terveydenhuollon palveluvalikoimaneuvoston (PALKO), Kansallisen HTA-koordinaatioyksikön (FinCCHTA), sairaanhoitopiirien, kliinisten asiantuntijoiden sekä muiden kansallisten sidosryhmien kanssa. Fimea tekee myös kansainvälistä arviointiyhteistyötä pohjoismaisessa FINOSE-verkostossa ja eurooppalaisessa EUnetHTA-verkostossa.